一、申请费用

申请上海公司代办医疗器械经营许可证需要考虑的首要成本是申请费用。在中国，医疗器械经营许可证的申请费用由相关政府部门规定，一般包括申请费、年度监管费等。根据市场调研，上海地区的申请费用相对较高，主要是因为上海作为中国的经济中心，监管要求更加严格，审批程序也更为复杂。此外，申请费用还取决于企业规模、经营范围等因素。

另外，还需要考虑到在申请过程中可能需要的其他支出，例如法律咨询费、资料准备费等，这些费用虽然可能不是直接的申请费用，但对于整个申请过程仍然具有重要影响。

二、人力资源成本

申请医疗器械经营许可证需要投入大量的人力资源。首先是人力资源的筹备成本，包括人员招聘、培训等费用。企业需要专门的团队负责申请过程，这些团队成员可能需要具备医疗器械相关的专业知识和经验，他们的招聘和培训将增加企业的成本。

其次是人力资源的运营成本。在申请过程中，需要不断与相关部门进行沟通、协调，处理各种可能的问题和挑战。这就需要企业投入大量的人力资源来处理各种事务，从而增加了运营成本。

三、技术支持成本

申请医疗器械经营许可证需要提供大量的技术支持文件和资料。这些文件和资料需要包括医疗器械的技术参数、质量管理体系、生产工艺流程等信息。企业可能需要专门聘请技术人员或外部顾问来提供技术支持，这将增加申请成本。

此外，如果企业没有相关的技术人员，可能还需要投入额外的培训成本，使员工掌握必要的技术知识，以便顺利完成申请过程。

四、时间成本

申请医疗器械经营许可证需要投入大量的时间。首先是申请过程本身需要的时间，包括准备申请材料、提交申请、等待审批等环节。在这个过程中，企业可能需要停止或调整部分业务，从而导致业务收入的减少，增加了时间成本。

另外，如果申请过程中出现了问题或延误，可能需要额外的时间来解决，进一步增加了时间成本。因此，企业在申请医疗器械经营许可证时需要充分考虑时间成本，并合理安排申请过程。

五、其他成本

除了上述几个方面的成本外，申请医疗器械经营许可证还可能涉及到其他各种成本，如市场调研成本、法律咨询成本、公关费用等。这些成本虽然可能不是直接的申请费用，但对于整个申请过程的顺利进行仍然具有重要作用。

因此，企业在申请医疗器械经营许可证时需要全面考虑各种成本，并制定合理的预算和计划，以确保申请过程顺利进行，并最大限度地降低成本。

综上所述，申请上海公司代办医疗器械经营许可证需要考虑的成本包括申请费用、人力资源成本、技术支持成本、时间成本以及其他各种成本。企业在申请过程中需要充分考虑这些成本，并制定合理的预算和计划，以确保申请顺利进行，并最大限度地降低成本。